بازسازی سه بعدی نیازمند این است که ووکسل های ابتدایی که به شکل مستطیل های ساده اند، از نظر ابعادی به ووکسل های متعدد مکعبی تبدیل شوند.

این روند که بازسازی فضایی نامیده می شود دسته ای از ووکسل های مکعبی با فاصله از هم (کوبریل) ایجاد می کند که همان فضای ووکسل های ابتدایی را اشغال می کنند.

عدد سی تی این کوبریل ها نمایان گر میانگین عدد سی تی ووکسل های اولیه ای است که این ووکسل جدید را ایجاد نموده اند. ساخت این ووکسل های جدید و مکعبی به تصویر اجازه بازسازی در هر پلنی بدون از دست رفتن رزولوشن یا قرارگیری فضایی آن ها در هوا نسبت به یکدیگر را می دهد.

در بازسازی سه بعدی سی تی تنها کوبریل های نمایشگر سطح حجم اسکن شده بر روی مانیتور مشاهده گر منتقل می شوند.

سطح شکل گرفته به وسیله این کوبریل ها می تواند در صورتی مشاهده شود که منبع نوری پشت سر مشاهده گر قرار گرفته باشد. با این رویه به سطح قابل مشاهده هر پیکسل یک value درجه خاکستری داده می شود. بسته به فاصله و نحوه قرارگیری آن نسبت به منبع نوری است بنابراین پیکسل هایی که رو به منبع نوری اند و یا به آن نزدیک ترند، از آن هایی که پشت به نور قرار دارند و یا دورترند روشن تر به نظر می رسند. تاثیر این سایه پردازی و تصویر حاصل دریافت شده به وسیله مشاهده گر شبیه به تصویرسازی هنرمندانه یک جسم سه بعدی در یک فضای دوبعدی است.

بعد از اینکه تصاویر سه بعدی ساخته شدند، می توانند به وسیله چرخش حول هر محوری برای نمایش ساختار تصویربرداری شده از زوایای متعدد تغییر یابند. همچنین سطوح خارجی تصویر می توانند از طریق الکترونیکی برای نمایش آناتومی نواحی عمقی تر برداشته شوند .

یکی از اولین کاربردهای 3D CT، مطالعه بیماران مشکوک به پارگی دیسک بین مهره ای و استنوز ستون فقرات است. از همان زمان 3D CT ، برای جراحی های بازسازی فک و صورت و نیز درمان بدفرمی های مادرزادی و اکتسابی، ارزیابی تومورهای درون جمجمه ای، ضایعات خوش خیم و بدخیم ناحیه فکی صورتی، آسیب های نخاع گردنی، شکستگی های لگن و بدفرمی های دست ها و پاها به کار رفته است. وجود اطلاعات به شکل سه بعدی امکان بازسازی مدل های با اندازه طبیعی برای جراحی های آزمایشی و بازسازی استنت های جراحی به منظور قرار دادن ایمپلنت های دندانی و ساخت پروتزهای مناسب را فراهم آورده است.

تکنولوژی سی تی مدام در حال پیشرفت است. ایماترون (سان فرانسیسکو) سی تی اسکنری ساخته است که قادر به فراهم نمودن اطلاعات تا 10 برابر سریع تر از سی تی های معمول می باشد. سی تی فوق سریع آن که زمان اسکنی معادل 50 میلی ثانیه دارد قادر به متوقف نمودن حرکت قلب و ریه و ایجاد کیفیت بالا بدون ارتیفکت های ناشی از حرکت است.