FID شدت سیگنال را با زمان ارتباط می دهد.

یک تکنیک ریاضی به نام تبدیل فوریر، رابطه شدت سیگنال با زمان را به شدت سیگنال به فرکانس رزونانت تبدیل می کند که موجب تبدیل سیگنال نوسان کننده FID به یک پالس انرژی یا جریان یا همان سیگنال MR می شود.

وقتی FID ها از یک مخلوط بافتی دریافت می شوند، هرقسمتی از بافت یک سیگنال رادیویی با فرکانس متفاوت تولید می کند.

آنتن موجود سیگنال های منفرد را جداسازی نمی کند؛ در عوض همگی با هم جمع می شوند تا مجموعه سیگنالی FID را بسازند. تبدیل فوریر همچنین جداسازی مجموعه سیگنالی FID از بافت های متفاوت به اجازی واجد فرکانس های متنوع آن را امکان پذیر می سازد. این روند با تکنیک های بازسازی مشابه آنچه در سی تی برای تولید تصاویر تشخیصی به کار می رود همراه می شود.

کنتراست تصویر بین بافت های متنوع بدن در MR با تغییر سرعتی که پالس RF فرستاده می شود، دستکاری می شود. تکرار زمانی کوتاه (TR) در حدود 500 میلی ثانیه بین پالس ها و زمان بازگشت سیگنال یا اکوی (TE) در حدود 20 میلی ثانیه یک تصویر T1 ایجاد می کند. یک TR بلند (2000 میلی ثانیه) و یک TE بلند (80 میلی ثانیه) یک تصویر T2 ایجاد می کنند. برای هر عمل تشخیصی، پزشک باید تصمیم بگیرد که کدام نوع از تصویربرداری بیشترین کنتراست را به دست می دهد. تصاویر T1-weighted تصاویر چربی نامیده می شود.

چون چربی کوتاه ترین زمان استراحت T1 و بلندترین سیگنال نسبی را نسبت به سایر بافت ها دارد و در نتیجه در تصویر روشن دیده می شود. جزییات آناتومیکی فراوانی در این نوع از تصویر دیده می شوند چون کنتراست تصویری خوبی دارد. تصاویر T1-weighted برای به تصویر کشیدن نواحی کوچک آناتومیک (برای مثال tmj)که رزولوشن فضایی بالا مورد نیاز است، مناسب می باشد.

تصاویر T2-weighted، تصاویر آبی نامیده می شوند چون آب طولانی ترین زمان استراحت T2 را دارد. بنابراین روشن دیده می شود. به طور کلی، زمان T2 مربوط به بافت های غیرطبیعی طولانی تر از بافت های طبیعی می باشد. تصاویر T2 بیشتر از همه زمانی به کار برده می شوند که پزشک به دنبال تغییرات التهابی یا سایر تغییرات پاتولوژیک است. تصاویر T1 بیشتر برای به نمایش کشیدن آناتومی به کار می روند. در عمل تصاویر غالبا باید به وسیله هم T1 و هم T2 برای جداسازی چندین نوع بافت به وسیله رزولوشن کنتراست تهیه شوند.

محدودکردن تصاویر MR به یک قسمت خاص از بدن (انتخاب یک برش) و توانایی ایجاد یک تصویر سه بعدی بسته به این واقعیت دارد که فرکانس لارمور یک هسته تا حدودی به وسیله قدرت میدان مغناطیسی خارجی کنترل می شود. وقتی این شدت در گرادیانی در عرض بدنه بافت تغییر می کند. (برانگیختگی انتخابی برش بافتی)، فرکانس لارمور هسته های منفرد یا گروه هایی از هسته ها(ووکسل ها) نیز در گرادیان تغییر می کند.

سه سیم پیچ الکترومغناطیسی این گرادیان درون آهنربای تصویربردار این گرادیان مغناطیسی را ایجاد می کنند. سیم پیچ ها بیمار را احاطه کرده و میدان مغناطیسی ایجاد می کنند که با جریان مغناطیسی در سه بردار عمود بر هم به منظور نمایش واحدهای حجم بافتی (ووکسل ها) که تحت تاثیر یک میدان واحد قرار گرفته اند، مقابله و جهت آن را تغییر می دهند. قسمت بندی میدان های مغناطیسی موضعی، کل پروتون های هیدورژن های موجود در یک ووکسل خاص را به فرکانس رزونانت یکسان می برد. این حالت برانگیختگی انتخابی نامیده می شود.

وقتی یک پالس RF با یک محدوده فرکانسی ایجاد می شود یک ووکسل از بافت که دارای همان فرکانس است برانگیخته می شود. وقتی ابش RF پایان می یابد، ووکسل برانگیخته شده فرکانس مذکور را آزاد می کند و باعث شناسایی و تعیین محل می شود. عرض باند یا طیف فرکانس های پالس های RF و بزرگی گرادیان انتخابی برش، ضخامت برش بافتی را تعیین می کند.

ضخامت برش با افزایش قدرت گرادیان یا کاهش عرض باند RF (محدوده فرکانس) کاهش می یابد.